搅拌发酵罐的基本结构是在罐体的顶部或者底部安装一根伸入罐内的搅拌轴。该轴将配备二至四个搅拌叶片。搅拌的目的是为了使槽内的物料更好的混合，促进固体物质与营养物质的接触，以利于营养物质的吸收和代谢物的分散。
另外，搅拌还可以使进入罐内的空气均匀分布，增加实验室发酵罐内气液接触面积，促进氧气与发酵液的混合。
泡沫抑制
在发酵过程中，由于发酵液中含有大量的蛋白质，在通气和搅拌的作用下，会形成泡沫。这是一种常见现象。但是，如果泡沫不断增多，直至蔓延至整个罐体，发酵液就会从发酵罐中泄漏出来，增加污染的机会。
实验室发酵罐中的抑泡系统也是保证发酵正常进行的重要环节，是非常必要的部分。首先，在早期阶段需要确保罐中的液体量不超过发酵罐内部空间的四分之三。留下的空间一方面是为 牙买加电报放映 了给发酵通气后页面上升提供空间，另一方面也为起泡提供时间。
实验室发酵罐通常采用机械消泡和消泡剂去除泡沫。
机械消泡只会影响发酵开始时形成的大气泡，而不会影响当前的泡沫。因此它主要与辅助消泡剂一起使用。对于自动化发酵罐，通常在罐盖上有一组抑泡电极和接地柱组成的电路。当泡沫上升到泡沫抑制电极的水平时，电极之间就会产生电信号，并发出警告开关。报警系统提示罐内泡沫量增加，需要添加消泡剂。
接种量
适当的接种量，有利于罐内菌种的快速繁殖、使产品发酵，同时也可以减少杂质的滋生。但过多或过少都会影响产品的正常再生。接种量过多时，过剩的菌体容易造成发酵罐容积不足，大量代谢产物的合成困难。
如果接种量过少，，会拖延发酵时间，大大降低发酵罐的生产能力。正确的接种量。
接种量的确定，实际上就是按照规定的比例确定接种液的体积，以及随后的培养体积。